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संगठन चार्ट
संस्थान
NISE के कार्यों का प्रबंधन एक गवर्निंग काउंसिल द्वारा किया जाता है, जिसकी अध्यक्षता सचिव, MNRE करते हैं। सचिव, MNRE सहित इसमें 18 सदस्य हैं, जो पदेन (ex-officio) अध्यक्ष, NISE होते हैं। गवर्निंग काउंसिल में उद्योग, प्रमुख संस्थानों, MNRE, NISE और प्रतिष्ठित संगठनों के विशेषज्ञों के सदस्य शामिल हैं।
NISE की कार्यकारी समिति
NISE की कार्यकारी समिति में पाँच सदस्य हैं, जिनमें महानिदेशक, NISE (अध्यक्ष), उप महानिदेशक-I, उप महानिदेशक-II, निदेशक सदस्य के रूप में तथा उप निदेशक (प्रशासन)/प्रशासनिक अधिकारी सदस्य संयोजक के रूप में शामिल हैं। कार्यकारी समिति (EC) तकनीकी, प्रशासनिक, नीतिगत, वित्त एवं लेखा संबंधी मामलों पर तथा NISE के समग्र कार्यकरण में सुधार हेतु निर्णय लेती है।
NISE की वित्त समिति
NISE की वित्त समिति में तीन सदस्य हैं, जिनमें वित्तीय सलाहकार, MNRE अध्यक्ष के रूप में तथा संयुक्त सचिव (सौर), MNRE और महानिदेशक (NISE) सदस्य के रूप में शामिल हैं। वार्षिक लेखों को गवर्निंग काउंसिल (GC) और वार्षिक आम बैठक (AGM) में प्रस्तुत करने से पहले वित्त समिति (FC) द्वारा अनुमोदित किया जाता है।
संगठनात्मक संरचना
NISE की संरचना और प्रबंधन का मोटा ढाँचा दर्शाने वाला संगठन चार्ट इस प्रकार है:

उप महानिदेशकों को विभिन्न तकनीकी एवं प्रशासनिक गतिविधियों में निदेशकों, प्रशासनिक अधिकारी, उप निदेशकों, सहायक निदेशकों और कार्यकारी सहायकों का सहयोग प्राप्त है।